El ompositor y profesor brasileño estudió violonchello, violín, órgano, piano y composición, teniendo como profesor a José Maurício Nunes Garcia. El príncipe Don Pedro, al que el joven Francisco Manuel había escrito un Te deum, prometío financiar sus estudios, aunque nunca llegó a cumplir su promesa. Fue director musical de la Capilla Real y en 1833 fundó la Sociedade Beneficente Musical, que tuvo un papel muy importante en la época en la que estuvo activa, hasta 1890. Su mayor mérito fue la fundación del Conservatorio de Río de Janeiro, que dio origen a la actual Escola de Música da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). También fue director del Teatro Lírico Fluminense, después transformado en la Ópera Nacional. Entre sus composiciones, todas ellas de gran originalidad destacan, la Misa Ferial y la Missa em mi bemol. Es autor del himno nacional brasileño, considerado como uno de los más bellos del mundo.